Zasadę księgowania wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów można rozpatrywać w dwóch aspektach:

1.      Gdy otrzymaliśmy fakturę od kontrahenta unijnego potwierdzającą wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, przed dniem powstania obowiązku podatkowego (czyli piętnastego następnego miesiąca po dacie nabycia towarów)

2.      Gdy kontrahent unijny nie wystawił faktury, bądź wystawił ja po dacie powstania obowiązku podatkowego.

Zgodnie z Ustawą VAT:

W przypadku pierwszym, gdy otrzymaliśmy fakturę od kontrahenta unijnego, należy ją przeliczyć po kursie z dnia poprzedzającego wystawienie faktury, zgodnie z artykułem 31a Ustawy o VAT

Podstawą opodatkowania jest wynagrodzenie, które należy zapłacić dostawcy towarów.

W przypadku drugim, sprawa księgowania i ujęcia w rejestrach jest bardziej skomplikowana. Przedmiotową transakcję należy ująć w księgach i konieczna jest wiedza na temat wartości dokonanej transakcji. Przeliczenia do rejestrów VAT należy dokonać po kursie z dnia 14 następującego po miesiącu, w którym dokonano nabycia wewnątrzwspólnotowego. Jeżeli okaże się jednak, że kontrahent unijny przed datą powstania obowiązku podatkowego wystawił  fakture, tylko nie wpłynęła na czas do odbiorcy towaru, trzeba będzie dokonać korekty obliczeń i złożyć korektę deklaracji VAT w urzędzie skarbowym. Do operacji nabycia wewnątrzwspólnotowego należy wystawić fakturę VAT wewnętrzną, na podstawie, której dokonuje się zapisów w rejestrach: naliczonym i należnym.

W przypadku zwrotu towarów dla kontrahenta unijnego należy wystawić fakturę VAT wewnętrzną - korektę.  Ustalenie kursu dla przeliczenia takiej faktury może często rodzić wątpliwości, należy odnieść się do tego samego punktu Ustawy o VAT nr 31a i przeliczenia dokonać według kursu średniego danej waluty obcej ogłoszonego przez Narodowy Bank Polski na ostatni dzień roboczy poprzedzający dzień powstania obowiązku podatkowego.

Przytoczone zasady mają zastosowanie od grudnia 2008 roku, kiedy weszła w życie znowelizowana Ustawa o VAT. Dla transakcji powstałych przed ta datą, mają zastosowanie inne przepisy nieobowiązującej już Ustawy o VAT.